Jim Clemer sebagaimana dikutip oleh Djamhuri (2001), merinci kendala dalam menerapkan Manajemen Mutu Terpadu adalah:
1. Lemahnya kepemimpinan dan delegasi wewenang manajemen
Manajeme Mutu Terpadu akan berjalan sesuai dengan sasaran yang didinginkan jika pemimpin memiliki komitmen terhadap keterlibatan semua pihak. Artinya Manajemen Mutu Terpadu tidak akan berhasil manakala hanya diserahkan kepada tim tertentu yang ditunjuk oleh pimpinan, sementara pimpinan langsung menyerahkan program Manajeme Mutu Terpadu tersebut kepada tim yang ditunjuk. Dengan demikian pimpinan dapat mensosialisasikan perbaikan mutu yang dilakukan oleh pimpinan.
2. Mabuk tim
Model ini bukan satu-satunya, tetapi masih ada metode pengembangan lainnya.
3. Proses pengaturan yang tidak memadai
ProgramManajeme Mutu Terpadu harus mengilhami seluruh kegiatan. Bagi sekolah, maka seluruh kegiatan akademik (proses belajar mengajar) harus memperoleh perhatian dalam meningkatkan kualitasnya.
4. Pemilihan pendekatan yang sempit dan dogmatik
Pendekatan yang sempit dan dogmatik tidak dapat secara fleksibel memenuhi tuntutan perkembangan. Ini berarti ada kemandegan atau bahkan akan terjadi proses status quo. Pendekatan yang sempit tidak akan memberikan kesempatan bagi peningkatan Manajeme Mutu Terpadu. Manajeme Mutu Terpadu berorientasi pada pelanggan. Pelanggan memiliki kepuasan yang selalu berkembang. Oleh karenanya pendekatan dogmatik dan sempit tidak sesuai dengan kepuasan pelanggan.
5. Kurangnya dukungan sistem informasi dan alat ukur keberhasilan
Lembaga atau oragnisasi termasuk sekolah amat sulit untuk mengetahui adanya peningkatan kualitas pelayanan di lembaganya, manakala tidak memiliki data dasar. Oleh karena itu setiap lembaga harus memiliki data dasar dan tolok ukur yang dicanangkan oleh lembaga yang bersangkutan.
manajemen mutu terpadu dalam pendidikan 